根据最早的史料记载，大约在1252年，斯德哥尔摩是铁矿交易的一个重要地点。斯德哥尔摩（Stockholm）在瑞典语中是指木头（stock）和小岛（holm），这座小岛就是现在斯德哥尔摩市中心的老城。

斯德哥尔摩据说是由比尔格·雅尔（Birger Jarl）建立的，目的是抵挡外国的海军的侵犯和阻止梅拉伦湖边上的锡格蒂那城的掠夺。城市选的位置是天然良港，适合船只停靠。


1690年，斯德哥尔摩是商业的繁华之地。中间就是现在的老城。斯德哥尔摩的战略和经济的重要性，使其在卡尔马联盟盟主丹麦国王和瑞典国内独立派的角力中变得重要。1520年，丹麦占据了斯德哥尔摩。同年的11月8日，丹麦人发动一场排除敌对势力的屠杀，史称斯德哥尔摩大屠杀。这场屠杀引起了很多暴动，最后导致了卡尔马联盟的破裂。

1600年，斯德哥尔摩的人口达到了1万。17世纪，瑞典成为欧洲的一个主要势力。1610年到1680年，人口增长了六倍。1634年，斯德哥尔摩成为瑞典国王的官方首都。随着贸易条款的制定，斯德哥尔摩基本垄断了外国商人和其他瑞典人的交易。

在1713年到1714年间，斯德哥尔摩爆发了黑死病。在1721年大北方战争结束之后，城市的很多地方都遭到了破坏，城市的发展也相应停滞了，人口停止增长，经济增长缓慢。然而，斯德哥尔摩还是保留了它作为瑞典的政治中心的地位。在国王古斯塔夫三世的领导下，文化也继续发展。皇家歌剧院就是那个时期建筑的优秀代表。

19世纪后半叶，斯德哥尔摩重新恢复了经济领先的地位。新的产业出现，斯德哥尔摩成为重要的贸易和服务中心，同样也是瑞典重要的关口。那个时期人口增长迅速，主要是外来移民的迅速增长。到十九世纪末，只有40%的居民是在斯德哥尔摩出生的。城市的版图也不断扩大。很多科学研究所在19世纪成立，包括卡罗琳医学院。

20世纪后期，斯德哥尔摩成为一个科技领先的，多人种的现代化城市。很多旧的建筑被拆除了，更多新的建筑建立起来。在这个世纪，很多产业从原来的劳动密集型转变为高科技和服务的产业。